Политика Илью Пономарева лишили депутатского мандата за систематические прогулы. За исключение Пономарева из парламента проголосовали 413 депутатов, трое высказались против.

Лишения мандата Ильи Пономарева добивалась "Справедливая Россия", во фракции которой состоял депутат. Также фракция требует лишить полномочий депутата Алексея Митрофанова, подозреваемого по делу о мошенничестве.

В апреле Госдума приняла закон, который позволяет лишать полномочий депутатов, не выполняющих своих обязанностей: в течение 30 дней не участвуют в пленарных заседаниях Думы, не работают в комитетах и не встречаются с избирателями в регионах. Разработала законопроект фракция "Справедливой России".

В июне 2015 года Илья Пономарев стал фигурантом уголовного дела о растрате в Сколково.